交通費について

私の勤めているペットショップでは交通費が出るのですが、普通は交通費も所得税で引かれるものなのですか？ 今、通勤にかかる交通費が月に２万５０００円です。 会社から出る交通費は１万５０００円です。 月の給料が （１５万＋交通費）－所得税－保険＝給料 ということなんですが、交通費は所得にならないと思うのですが、どうなんでしょう？ １５万－所得税－保険＝給料 別で交通費１万５０００ ということにはならいのでしょうか？